บุหรี่ไฟฟ้าเป็นผลิตภัณฑ์ใหม่ที่เพิ่งมีวางขายไม่ถึง 20 ปี ดังนั้นอันตรายต่อสุขภาพในระยะยาวจึงยังไม่มีข้อมูล ซึ่งเรื่องนี้องค์การอนามัยโลกเตือนว่า มีข้อมูลหลักฐานจำนวนมากขึ้นเรื่อย ๆ ที่แสดงว่าบุหรี่ไฟฟ้าไม่ปลอดภัยและมีอันตรายต่อสุขภาพ เช่น

บุหรี่ไฟฟ้าซ่อนร้าย ทำลายสมองและปอด ด้วยตัวสารเคมีอันตรายมากมายทั้ง สารหนู สารโลหะหนัก และสารเคมีอื่นๆที่อยู่ในไอบุหรี่ไฟฟ้า มีขนาดเล็กกว่าฝุ่น PM2.5 ทำให้เข้าลึก ทำลายเนื้อเยื่อบุทางเดินหายใจ รวมถึงเนื้อเยื่อปอดอาจเกิดการอักเสบเฉียบพลัน หายใจติดขัด บางรายอาจต้องสอดท่อช่วยหากใจฉุกเฉิน และเมื่อบาดแผลอักเสบไปนานๆ อาจะเป็นต้นเหตุของมะเร็ง